Академія є провідною науковою установою з питань наукового забезпечення бюджетного процесу, розвитку системи управління державними фінансами. В Академії функціонує спеціалізована вчена рада з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) наук зі спеціальностей: 08.00.08 – гроші, фінанси і кредит, 08.00.03 – економіка та управління національним господарством.
Щомісячно Академією видається науково-теоретичний та інформаційно-практичний журнал Міністерства фінансів України «Фінанси України», щоквартально збірник «Наукові праці НДФІ».
Пріоритетні напрями науково-дослідних робіт Міністерства фінансів України на 2009–2011 роки:
• Теоретико-методологічні засади формування бюджетної політики як дієвого інструмента соціально-економічного розвитку країни
• Податкова політика та формування доходів бюджету в контексті зростання національної економіки
• Удосконалення методології бухгалтерського обліку та аудиту в умовах євроінтеграційних процесів
• Розвиток державного фінансового контролю. Реформування системи державного внутрішнього (урядового) фінансового контролю
• Державна політика у сфері видатків бюджету. Розробка теоретико-методологічних засад підвищення ефективності бюджетних програм
• Розвиток місцевих фінансів та регулювання міжбюджетних відносин
• Міжнародні фінанси, інвестиційно-інноваційний розвиток
• Бюджетна стратегія та перспективне бюджетне прогнозування і планування. Управління державним боргом
• Економіко-математичне моделювання системи державних фінансів
• Державна політика розвитку фінансових ринків
